目前困扰我国地下水源热泵发展的瓶颈是回灌问题，一些水源热泵承包方不了解回灌井的钻井施工技术工艺，单纯地以供水井的水量衡量回灌量是不正确的，回灌井的施工是一个比较复杂的施工工艺。在我国靠近山区的冲击扇上及盆地地区，卵、砾石及粗砂地层中孔隙度较大，成井后很容易回灌，且回灌使用效果永久。

  许多地源热泵承包单位对水文地质条件和钻井施工工艺不了解，认为只要地下有水就能回灌，这是对回灌井认识不足。由于前期投入非常大，在短时间内能够回灌，或在一年内就形成微量回灌，不但造成水资源的大量浪费，而且长期下去会引发局部地面沉降和地质灾害。我们调查了大量的资料，在欧美一些发达国家对水源热泵所使用的地下水采用的处理方法是加压回灌和净化处理，这无意之中就加大了水源热泵的利用成本。虽然我国水源热泵的发展迅猛，但是科学论证不到位，致使把水源热泵这一可再生资源的重复利用引入误区。